Тэцуро Хосино — юный беспризорник, живущий на улице. А всё из-за того, что его мать ради развлечения убил граф Меха. У Тэцуро есть мечта: несмотря ни на что раздобыть себе механическое тело и отомстить за смерть матери. Для этого ему нужно получить дорогостоящий билет на «Галактический экспресс 999» — космический поезд, который отвезёт его на планету, где можно бесплатно получить механическое тело. Во время попытки украсть билет полиция почти ловит мальчика, но его спасает Мэйтел и предлагает ему билет с условием, что в это путешествие он возьмёт её с собой.

Так и начинается приключение Тэцуро и Мэйтел на борту Галактического экспресса. Сможет ли Тэцуро отомстить убийце своей матери? Какие цели преследует Мэйтел, помогая мальчику? А самое главное, захочет ли Тэцуро обладать механическим телом после всех пережитых им приключений?