Второй сезон истории повествует о продолжении приключений Такаши Нацумэ — юноши, с детства имеющего способность видеть духов — и его телохранителя Мадары, названного Нянко-сэнсэем. Такаши продолжает возвращать духам их имена, освобождая их от «Тетради дружбы», унаследованной от бабушки Рэйко. Он сталкивается с духами, демонами, помогает им и часто попадает в ситуации, опасные как для него, так и для окружающих.