История начинается с того, как мальчик по имени Такуя получает на свой телефон загадочное сообщение. Прочитав его, паренёк отправляется на станцию, указанную в тексте. Прибыв на место, Такуя попадает в очень странное место, где полным-полно детей и поездов. Сев на один из них, мальчик, вместе с ещё четырьмя людьми, отправляется в Цифровой мир, который им предстоит спасти. По пути они должны будут найти духов, при помощи которых друзья смогут превращаться в легендарных дигимонов.

Однако враги уже знают о том, что они прибыли и самый главный из них — Керубимон — готов пойти на всё, лишь бы не позволить им найти духов.