Год 2010. Огромные гиперураганы одновременно сформировались в атмосфере планеты, нанося громаднейшие повреждения всем странам. Население Земли, насчитывавшее 8 миллиардов человек, вмиг потеряло 5 миллиардов жизней. Северная Америка, Россия и северная часть Европы теперь во льду, все территории равнин ушли под воду, видоизменяя карту Земли до неузнаваемости и погружая человечество в эпоху хаоса.

Японское правительство сумело создать самостоятельное экономическое государство, немного оправившись от бедствия. Технология Дополнительной Силы, которая долгое время находилась в разработке, сыграла большую роль в восстановлении экономики страны. Однако вне Особой Экономической Зоны царила нищета. Люди из правящего класса провозгласили себя Логосом. Они использовали ТДС в военных целях. Малоимущие же, прозванные «ревенусами», были изгнаны за пределы ОЭЗ. Чтобы управлять военной мощью Японии, Европейский союз ЭО и Азиатский союз АО создали Единый союз АЭС, их войска слились в Кюсю и были встречены огнём передовой во главе с гладиаторами из спецотряда «Фантом». Они подавили атаку с сокрушительной силой. После был подписан двухсторонний пакт о ненападении с АЭС, и с тех пор эти военные силы используются против повстанцев, в пределах самой страны.

С тех пор прошло время. Джо Кацураги и Джин Цурасава спасаются от фантомов, организованных, чтобы «приглядывать» за ревенусами и подавлять мятежные элементы Логоса. Вместе с ними спасается бегством таинственная девочка Сана Нобуто. И почему-то множество людей заинтересовано в ней, и каждый — по своим причинам.